顺治皇帝将此归罪于多尔衮，肯定有他的道理。从多尔衮的角度看，将他们母子隔开，固然有皇家制度的因素在，不过，他和孝庄之间的私情可能是更重要的原因。
顺治三年正月，已经牢牢控制住朝局和全国大部分地区的多尔衮，任命在小皇帝第二次登基时恢复了肃亲王爵位的豪格为新的靖远大将军，前往四川对付张献忠。当年十一月，在四川南充地区的凤凰山金山铺，张献忠主力被豪格击败，张献忠本人也被一箭射死。
从此，这两支号称具有几十万甚至上百万大军的农民军，大体星散。李自成、张献忠的一部分部下与明朝残余力量合流，试图共同抵抗咄咄逼人的清军。无奈，强弩之末，不能穿缟，他们再也没有能够形成足够的力量。而多尔衮则十分顺利地实现了各个击破的总体战略目标。中国，在他的手里大局已定。
在此期间，清朝迅速完善各种规章制度，除军事上以八旗制度为其根本之外，其余几乎全部沿袭了明朝的制度设计。多尔衮率大军入关时，一再宣称自己的天下是得自李自成，而不是夺明朝之天下。与此异曲同工的是，顺治三年，以顺治皇帝的名义作序，将朱元璋的《洪武宝训》颁行天下，直截了当地自认为是明朝的继承人，将与天下共同遵守大明祖训。这是中国历史上改朝换代时从未有过的景象，在很大程度上，起到了收拾人心的功效。
这种情形也直接影响到了小皇帝福临的日常生活。譬如，按照大明祖制，皇家子女出生后，不能由亲生母亲抚养，要交由宫中女官、乳母、宫女、太监和师傅们养育辅导。到北京后，孝庄皇太后住进了慈宁宫，七岁的福临大约是住在位育宫，他只能和母亲分开来自己单独住。
多年以后，早已把死后的多尔衮修理得体无完肤的顺治皇帝，仍然充满怨恨地谈到，多尔衮摄政时，自己和皇太后要分别居住在不同的宫室里，经常要几个月才能见上一面，以至于皇太后时时牵挂，特别难受。
顺治皇帝将此归罪于多尔衮，肯定有他的道理。从多尔衮的角度看，将他们母子隔开，固然有皇家制度的因素在，不过，他和孝庄之间的私情可能是更重要的原因。
今天，我们已经很难知道多尔衮与孝庄皇太后之间的情愫，究竟是怎样的情形。福临长大后，性情偏执强烈，形成严重的分裂型人格，和自己母亲孝庄皇太后的关系也恶化到几乎无法弥补的程度。从一般心理学规律判断，这种情形，必定和他童年与少年时期的成长经历密切相关。而多尔衮和孝庄皇太后的关系，可能使他受到过极大的刺激。这应该是他切齿痛恨多尔衮的最重要原因。
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